Cud do kanonizacji:
Cud ten wydarzył się w 1943 roku. Krakowska farmaceutka Maria Piątek cierpiała na zator mózgowy, który odebrał jej mowę. Żarliwa modlitwa za wstawiennictwem Szymona przywróciła jej zdrowie. W następstwie wznowienia procesu kanonizacyjnego, konsultorzy historycy, współpracujący z Kongregacją do Spraw Świętych w Rzymie wraz z relatorem generalnym sprawy (prowadzącym ją z ramienia Kongregacji), o. Ambrożym Eszerem OP, zatwierdzili w 2005 r. dokumentację o heroiczności cnót (Positio de virtutibus) bł. Szymona, a w roku następnym (2006) lekarze eksperci, działający przy tejże Kongregacji przeprowadzili nostryfikację cudu kanonizacyjnego. Było to cudowne uzdrowienie w 1943 r. Marii Piątek, farmaceutki zamieszkałej w Krakowie, chorej na zator mózgowy, sparaliżowanej i pozbawionej mowy. I ten fakt zdecydował, że 3 kwietnia 2007 roku papież Benedykt XVI ogłosił go świętym.
Wybrane cuda:
Pewna kobieta imieniem Elżbieta z Dobczyc przez dwa lata, jak sama oświadczyła, była zupełnie pozbawiona wzroku. Zanosząc prośby i obietnice przy grobie Ojca (Szymona), wysłużyła sobie odzyskanie wzroku utraconego. Należność obietnicy wyrównała bez przewodnika ta, która wcześniej do każdego dzieła potrzebowała przewodnika. Chwaliła w Ojcu (Szymonie) boską dobrotliwość.
Nie bez podziwu opowiada się o innym cudzie, bo (oto) pewna kobieta stanu mieszczańskiego Katarzyna, małżonka Stanisława Piorunka z Krakowa, ogromnie cierpiąc przy porodzie, dręczona wewnętrznymi ciosami potomka, jak nędzna (wynędzniała) przywódczyni, prawie przewidywała dzień i żałosną godzinę (swej) śmierci. Wreszcie (jednak)poruszona jakby duchem dziecięcia ukrytego w łonie (swej) matki, skierowała prośby do grobu ojca Szymona i natychmiast urodziła dziecię bez żadnego bólu. Po okresie połogu przyniosła je do grobu Ojca (Szymona), ofiarując (też)świecę. Rozgłaszała jego wstawiennictwa na nią wylane i głośno opowiadała o tym, co jej się przydarzyło, ku Chwale Pana naszego Jezusa Chrystusa.
Chociaż łaska otrzymana za sprawą Ojca Szymona wylewa się na wszystkich, to jednaka bardziej na tych, co w kwiecie niewinności stoją przed Bogiem. Okazało się to w przypadku wielu dzieci, a jeden z nich jest godny (szczególny) podziwu. Otóż kiedy łaskawa pani Katarzyna, małżonka wielmożnego pana Dominika, starosty radomskiego, ze łzami patrzyła na najdroższego mu syna imieniem Bartłomiej, mającego lat pięć lub nie co więcej, od długiego czasu lezącego w łóżku z powodu ciężkiej choroby, a jego członki wskazywały na śmierć już bliską. Zaniosła go (jednak) do grobu Ojca (Szymona) i wysłużyła sobie uzdrowienie tego, którego już prawie opłakiwała jako zmarłego. Co obiecała słowem to i spełniła każąc wykonać świecę wagi dziecięcia, którą przyniosła do grobu Szymona. W mężu Bożym wielbiła moc boską.
Jedna z pielęgniarek, gdy poleciła w modlitwie do św. Szymona kilku zarażonych kleryków, szybko ujrzała ich w pełnym zdrowiu. Księgi podają, że przez jego wstawiennictwo, do końca 1482 roku zostało cudownie uleczonych ok 151 osób.
Irminka Tomaszewska, mając 8 lat cierpiała na szereg ciężkich chorób, łącznie z dyfterią, szkarlatyną i ospą wietrzną. Wraz z upływającymi miesiącami stan dziewczynki regularnie się pogarszał. Chorą leczył m.in. uznany specjalista, dr Konn. Mimo stosowania różnych rodzajów zabiegów, nie był w stanie pomóc dziecku. Z chorego ucha wylewały się niezliczone ilości ropy. Lekarze orzekli, że niezbędna będzie operacja i trepanacja czaszki. Ciocia chorej obawiając się o jej słabe serce postanowiła wznowić nowennę do św. Szymona z Lipnicy i podjęła obietnicę, że jeśli uda się dziewczynce wyzdrowieć bez operacji, odwiedzą wspólnie w Krakowie grób tegoż sławnego zakonnika. Przykładała chorej także relikwie Świętego i podawała wodę z jego studni. Wieczorem 12 maja 1936 roku, przy zmianie opatrunku okazało się, że jest on suchy, jakby świeżo włożony do ucha. Kobieta zabrała od razu dziewczynkę do lekarza, w obawie, że ropa przemieściła się w inne miejsce. Lekarz po przebadaniu orzekł, że to prawdziwa łaska Boża, ponieważ dziecko jest zupełnie zdrowe, choroba nie pozostawiła po sobie żadnych śladów. Fakt ten potwierdzili również inni znani lekarze.